Обитель основана в 1540 году учеником преподобного Корнилия Комельского преподобномучеником Адрианом (память – 18 марта н.ст.).
В Корнилиевом монастыре преподобный Адриан был рукоположен во иеродиакона. Научился там иконописи. По благословению игумена Лаврентия ушел из монастыря с написанной им иконой Успения Божией Матери. Спутником ему игумен назначил старца Леонида.
По преданию, под праздник Воздвижения Креста Господня, 13 сентября 1540 года, в дремучем лесу, в окрестностях селения Пошехонье, лес вокруг монахов-путников огласился таинственным звоном невидимых колоколов. Тогда иноки поместили икону на высоком дубе на берегу речки, а сами пошли искать место для отшельнической жизни. В то время к берегу причалили рыбаки и удивились, увидев святую икону. Один из них хотел ее снять, но был отброшен чудесной силой. Тогда рыбаки решили удалиться с того места, но оставили под деревом хлеб и пойманную рыбу. А подвижники, вернувшись, возблагодарили Бога и Его Пречистую Матерь за попечение о них. Они поняли, что это и есть указанное им место.
Спустя три года горячих молитв и трудов, нужды и поношения от злых людей, преподобные Адриан и Леонид отправились в Москву испросить благословения у митрополита Московского Макария на основание обители и храма в честь Успения Божией Матери. Святитель благословил подвижников устроить монастырь в пяти верстах от города Пошехонья и вручил им храмозданную грамоту, а иеродиакона Адриана рукоположил во иеромонаха и возвел в сан игумена. В Москве пошехонские пустынники нашли щедрых благотворителей, которые, видя их дерзновение, подали обильные пожертвования на возведение храма. Вернувшись в свою пустынь 31 мая 1543 года, игумен Адриан заложил деревянную церковь с трапезой в честь Успения Пресвятой Богородицы. Украсив и освятив новую церковь, преподобный Адриан приступил к устройству обители.
Став игуменом, преподобный Адриан продолжал вести подвижническую жизнь и был во всем примером для братии. Он ввел строгий общежительный устав. Женщины совершенно не имели доступа в монастырь. Помимо всех трудов игумен Адриан занимался и написанием икон, а для уединенной молитвы удалялся в чащу леса. За оградой монастыря, недалеко от реки Ветхи, преподобный Адриан своими руками ископал колодец, вода из которого приносила людям исцеление от болезней.

Через шесть лет после основания обители мирно почил о Господе старец Леонид († 1549). Святой Адриан собирался приступить к строительству большого каменного храма и собрал для этого значительную сумму денег. Но в 1550 году, Великим постом, в ночь с 5 на 6 марта, в монастырь ворвались разбойники, которые схватили преподобного Адриана, после истязаний ограбили и убили его.
Предание повествует о том, что разбойники захватили с собой тело замученного ими игумена Адриана и, отвезя его за тридцать верст от обители, бросили в бочаг речки Ушломы. Злодеи намеревались на другой день сжечь тело преподобного на костре, но, придя на то место рано утром, они не нашли его. Благочестивый крестьянин Исидор с помощью соседей отвез тело мученика к ветхой церкви во имя пророка Илии и похоронил под полом храма, а рядом для приметы посадил рябину. Впоследствии храм окончательно разрушился, а у той рябины стали совершаться чудеса и исцеления. Затем на этом месте был выстроен Рябинин монастырь (Троицкая Ильинская Рябинина пустынь), впоследствии приписанный к Адрианову.
Многие десятилетия братия монастыря не переставали разыскивать тело преподобного Адриана. Наконец в 1626 году, при игумене Порфирии, сын Исидора, чувствуя приближение смертного часа, объявил на исповеди своему духовнику, что его отец, умирая, рассказал ему тайну погребения убиенного игумена Адриана. По благословению Патриарха Московского и всея Руси Филарета 19 ноября 1626 года мощи преподобного Адриана были обретены и 17 декабря перенесены в основанный им монастырь. Их положили в гробницу и поставили в соборной Успенской церкви против правого клироса. При обретении и перенесении мощей преподобномученика Адриана совершилось много чудесных исцелений от различных недугов и болезней.
В 1615 году в монастыре была возведена каменная двухэтажная пятиглавая теплая трапезная церковь в честь Богоявления Господня с приделом Рождества Пресвятой Богородицы.
В 1699 году все деревянные монастырские строения сгорели при пожаре. В 1700 году митрополит Ростовский и Ярославский Иоасаф (Лазаревич, † 1701) благословил возвести над святыми вратами деревянную церковь во имя святых Адриана и Наталии с приделом во имя преподобного Михаила Малеина.
В 1704 году по благословению святителя Димитрия Ростовского под руководством игумена Вассиана в обители была построена церковь во имя Святителя и Чудотворца Николая. В 1710 году началось строительство каменного Успенского собора, который был освящен в 1718 году. Через год в Успенском соборе был освящен придел преподобномученика Адриана, куда были перенесены его святые мощи, находившиеся ранее в Богоявленском храме. У юго-западного угла собора была возведена колокольня.
В конце XVIII века территория обители была обнесена каменной оградой с четырьмя башнями. По северной стене ограды, на месте погребов, в 1893 году был построен небольшой деревянный келейный корпус на каменном фундаменте.
После реформы 1764 года монастырь был отнесен к третьему классу с игуменским управлением. В третьеклассном монастыре было положено содержание игумену, казначею, четырем иеромонахам, двум иеродиаконам и четырем послушникам. Оплачивалось содержание девяти служителям (прислуга). Но сохранившиеся в Ярославском архиве ведомости о монашествующих XIX – начала XX веков свидетельствуют о том, что число послушников сверх штата (или на испытании) в Адриановой обители часто превышало число штатных насельников. Сверхштатными насельниками были в основном молодые люди из духовного звания, по тем или иным причинам оставившие духовные учебные заведения, чаще всего – Пошехонское Духовное училище, которое в 1810–1814 годах располагалось в самом Адриановом монастыре. Здесь же с 1800 по 1854 год помещалось и Пошехонское Духовное правление.
Среди насельников обители были и выдающиеся подвижники веры. Такие, как Адриан Югский, до перехода в Югскую Дорофееву пустынь тридцать лет подвизавшийся в Адриановом Пошехонском монастыре.
В 1888 году при монастыре была устроена церковно-приходская школа, в которой в разные годы обучалось до 70 мальчиков и девочек. При монастыре имелся странноприимный дом, в котором находили приют и пропитание богомольцы и странники. Ежегодно совершались крестные ходы с чудотворной иконой Успения Пресвятой Богородицы из обители в Пошехонье (самые значительные – с 21–24 июня по 1 августа и с 14 сентября по 1 октября).

В 1918 году монастырь был закрыт, иноки и послушники изгнаны. В 1920–1930-х годах были разрушены Успенский собор и почти полностью –Богоявленский храм. Святые мощи были вынуты из раки и осквернены. Вериги и игуменский посох преподобномученика Адриана богоборцы унесли из обители, захватив также древние иконы, среди которых были написанные и самим преподобным.
На монастырском кладбище был разбит огород. Из всех монастырских строений сохранились колокольня 1809 года с пристроенными к ней двумя корпусами, братский корпус с сенями и притвором Богоявленского храма, а также три каменных здания и хозяйственное помещение.
В 1960-х годах разобрали ограду и башни. В конце 1980-х годов каменные келлии стали частной собственностью, позднее много сил было потрачено на возвращение их монастырю.
В 2000 году Адрианову обитель вернули Русской Православной Церкви. Первыми насельницами монастыря стали монахини во главе с игуменией Дамианой (Латышевой). Богослужение совершалось в сенях Богоявленского храма. Сестры обители побелили колокольню, отстроили летнюю кухню и зимнюю трапезную, выложили дорожку для крестного хода, устроили небольшие теплицы. Сюда стали приезжать паломники из Ярославля, Москвы, Череповца, Вологды, Сергиева Посада, а также дети из воскресных школ Пошехонья и Рыбинска.
Осенью 2006 года решением Священного Синода Адрианов монастырь был преобразован в мужской, а исполняющим обязанности наместника назначен иеромонах Феодор (Казанов). В марте 2007 года наместником монастыря назначили иеромонаха Димитрия (Бурова).
С 2015 года священноархимандрит монастыря – Высокопреосвященный Вениамин, епископ Рыбинский и Романово-Борисоглебский.
Наместником монастыря является игумен Платон (Шуняев).
Был обустроен и освящен в честь преподобномученика Адриана источник: сооружены купель и навес, установлен крест.
Сегодня Свято-Успенский Адрианов мужской монастырь – единственный сохранившийся на территории Пошехонского района Ярославской области монастырский комплекс, включающий в себя ряд ценных памятников архитектуры XVIII–XIX веков. Среди святынь обители – икона святителя Димитрия Ростовского с частицей его мощей.